Elizabeth tenía 10 años cuando navegaba junto a su padre, Weatherby Swann, y el Comodoro James Norringtton rumbo a Port Royal. Durante la travesía encontraron los restos de un barco atacado por piratas y a Will Turner también siendo un niño, flotando a la deriva con un extraño medallón dorado. Una vez el chico estuvo a salvo en su barco y temiendo que el medallón identificase al joven Will como un pirata, Elizabeth lo cogió y se lo quedó sin decir nada a nadie. Sólo ella pareció vislumbrar entre la niebla como un barco con velas negras abandonaba el lugar del desastre.
Años después se ve llegar a Jack Sparrow en una pequeña barca que amientras se acerca al muelle de Port Royal se va hundiendo. Al poner un pie en el muelle, inmediatamente le piden su nombre para poder entrar a Port Royal, pero Jack se libra de dar su nombre al sobornar al cobrador para después robarle el soborno (y unas cuantas monedas más).
Will Turner ya siendo un adulto trabaja como aprendiz de herrero en Port Royal desde entonces. Es evidente que siente algo por Elizabeth pero su baja clase social le impide tener el valor de acercarse a ella, la cual también parece mostrar interés por él.
Para la ceremonia de ascenso del Comodoro James Norringtton Elizabeth se pone el vestido que su padre le ha traído especialmente de Londres pues este alberga la esperanza de que su hija y el Comodoro entablen una relación. Efectivamente al finalizar la ceremonia el Comodoro le propone a Elizabeth hablar a solas con la intención de proponerle matrimonio pero el encorsetado vestido le juega una mala pasada a Elizabeth y la falta de aire hace que se desmaye cayendo por un acantilado al mar. Al contacto con el agua el medallón dorado que llevaba al cuello, escondido a la vista de los demás, produce una llamada que atraerá más tarde a la tripulación del capitán Barbossa. El Comodoro ve horrorizado como su amada ha caído al mar pero la altura del acantilado y las rocas, que milagrosamente Elizabeth esquivó, le hacen desistir de su empeño de lanzarse a por ella desde ahí y corré al puerto junto con sus hombres.
Jack Sparrow, que está en el puerto de Port Royal tratando de hacerse con un barco, se lanza al rescate de Elizabeth tras verla caer. Jack se da cuenta que el vestido que lleva ella es demasiado pesado y resulta casi imposible mantenerla a flote por lo que se las ingenia para quitárselo y dejarla sólo con el canesú interior. Cuando consigue llevarla a tierra firme Elizabeth sigue sin conocimiento y todos temen por su vida pues no está respirando. En un alarde de ingenio Jack rasga el corsé que lleva permitiéndola respirad y escupir el agua tragada.
Aunque ha salvado la vida de Elizabeth, el Comodoro y su padre que ya han conseguido llegar donde está, no se conmueven y pretenden apresar a Jack por ser un conocido pirata. Elizabeth no está dispuesta a que apresen al hombre que ha salvado su vida y se interponer entre Jack y las armas que le apuntan. Jack, que tampoco está dispuesto a que le apresen, aprovecha la ocasión para tomar a Elizabeth como rehén y librarse así de la justicia. Esfuerzo en vano sin embargo porque finalmente es atrapado en la herrería donde trabaja Will Turner después de que estos dos entablen una lucha a espada.
Esa misma noche Port Royal es atacado por piratas y toda la ciudad está inmersa en el caos. Elizabeth es perseguida en su casa por dos piratas que dicen que ella tiene algo que les pertenece. Cuando la encuentran ella invoca el derecho de Parlamento (o Parley), sus perseguidores se acogen al código y la llevan ante su capitán, el capitán Barbossa. Creyendo que es mejor no revelar su condición de hija del gobernador Elizabeth se hace pasar por sirvienta y usa el apellido de Will, presentándose entonces ante el capitán como Elizabeth Turner. Ella pretende negociar el cese de las hostilidades contra Port Royal a cambio del medallón dorado que lleva al cuello y Barbossa parece estar de acuerdo con el trato. El único problema es que a Elizabeth se le olvidó mencionar en el trato que ella debía ser llevaba a puerto otra vez y el Capitán se la lleva en el barco.
Will Turner convence al Capitán Sparrow de que le ayude a encontrar a Elizabeth, que va a bordo de la Perla Negra, a cambio de sacarle de la cárcel dónde le han metido, trato que acepta rápidamente al saber que el apellido de Will es Turner. Ambos se hacen con un barco de la Armada Real llamado el Interceptor y parten en busca de la chica. Mientras navegan Sparrow le hace saber a Will que es hijo de un pirata, Bill "el Botas" Turner, pirata pero un buen hombre.
Ya en el barco el Capitán Barbossa le explica a Elizabeth porque tienen tanto empeño en conseguir el medallón dorado. Se trata de oro azteca maldito, todo aquel que robara las piezas doradas del cofre de piedra quedarían malditos eternamente, serán inmortales aunque no podrán sentir nada y se transformarían en esqueletos a la luz de la luna. Ahora trataban de encontrar todas las monedas del cofre que habían ido malgastando en mujeres y vino. Lo que no sabe ella es que es la sangre de Bill "el Botas" o la de sus hijos la que se necesita para acabar con la maldición...al decir que ella se apellidaba Turner los piratas la han tomado por hija de Bill "el Botas".
Jack y Will hacen una parada en la isla Tortuga para conseguir tripulación que les ayude a manejar el inmenso barco con el que se han hecho. Conversando con el marinero Gibbs, Will Turner se da cuenta de que la Perla Negra pertenecía a Jack Sparrow y que Barbossa, el segundo al mando, se amotinó y le dejó abandonado en una isla.
Jack y su tripulación se dirigen a Isla de Muerta porque saben que es allí donde estará Barbossa, allí es donde guardan todo el oro azteca recuperado y donde tienen que acabar con la maldición mediante el pago de sangre. Will consigue rescatar a Elizabeth de la isla dejando allí a Jack inconsciente. La tripulación de Jack se acoge a la norma "hombre que queda atrás, se deja atrás" y se marchan sin él.
Con Jack como prisionero Barbossa zarpa persiguiendo a Will y Elizabeth que se han llevado con ellos el medallón a bordo del Interceptor. La Perla Negra los alcanza y toda la tripulación del Interceptor es hecha prisionera por Barbossa y el barco destruido. Will, que ahora sabe que necesitan su sangre para acabar con la maldición, amenaza con pegarse un tiro y caer al mar si no liberan a Elizabeth y al resto de la tripulación. Barbossa acepta el trato pero Will olvida mencionar dónde y cómo liberará a la tripulación por lo que Elizabeth y Jack son abandonados en una isla, este lugar no es extraño para Jack puesto que fue ahí donde le abandonó por primera vez Barbossa cuando se amotinó.
Elizabeth es engañada por Jack cuando éste le dice que fue en esta isla donde el pasó tres días bebiendo ron tras ser abandonado a su suerte hasta que un barco de contrabandista le recogió. No le dice la verdad, que salió de la isla por hacer un trato con David Jones. Decide hacer una pequeña fiesta alrededor de una hoguera para que Jack se emborrache bebiendo ron. Cuando Jack se despierta de la resaca ve como Elizabeth ha usado todo el ron que quedaba en la isla (algo que nunca podrá perdondarle) para hacer una enorme hoguera y usar el humo como señal.
Gracias a esta señal acuden el Comodoro y su padre a su rescate, volviendo a hacer prisionero a Jack. Su padre no está dispuesto a ir a rescatar a Will pero Elizabeth convence al Comodoro de que vaya a por él como regalo de bodas. Ante la expectativa de casarse con Elizabeth el Comodoro acepta.
En Isla de la Muerte, Barbossa está a punto de sacrificar a Will para pagar la deuda de sangre. Sueltan a Jack para que colabore con el Comodoro y así tender a los piratas una emboscada. Jack va a la gruta donde está Barbossa e interrumpe el sacrificio diciendo que la Marina Real les aguarda fuera por lo que sería mejor acabar con la maldición cuando les hayan vencido. Jack aprovecha para "robar" una moneda del cofre sin que nadie se percate de ello.
Cuando la mayoría de piratas se ha ido Jack ataca a Barbossa, y cuando este último le clava su espada a Jack, este, a la luz de la luna y convertido en un esqueleto le muestra la moneda tomada del cofre a Barbossa, quedando los dos en igualdad de condiciones. Will y Elizabeth también luchan contra los piratas que han quedado. Jack consigue devolver al cofre la última pieza y con la maldición acabada pega un tiro mortal a Barbossa.
El resto de piratas que había ido a atacar la Marina Real son apresados también al notar que la maldición ha terminado y ya no son inmortales.
Ya en Port Royal Jack es condenado a la horca por sus actos de piratería, pero Will, que no puede tolerar que ejecuten a un buen hombre, le intenta ayudar a escapar. Elizabeth ayuda a Will fingiendo un desmayo y desviando la atención del Comodoro. El intento de escape no funciona muy bien y ambos son acorralados por la guardia. Tras una conversación con el Comodoro, que se da cuenta de que Elizabeth no le ama a él, Will es dejado en libertad y Jack se despide diciendo "caballeros, lo siento, todos ustedes recordaran este día como el día en que casi atrapan al..." pero Jack no logra terminar su frase al tropezarse y caer al mar para ser recogido por su tripulación a bordo de la Perla Negra.
En el muelle, el Comodoro ordena un plazo de un día antes de reiniciar la búsqueda de Jack, como recompensa a sus recientes acciones. Después Will y Elizabeth se besan apasionadamente haciendo ver al padre de ésta a quién a elegido su hija.
Tras los créditos de la película hay una escena en la que se encuentra el capitán Barbossa muerto en la isla donde estaba el cofre de las monedas malditas, en un instante aparece el mono Jack y agarra su moneda y se convierte en esqueleto con el reflejo de la luna

Tras haber levantado la maldición de la Perla Negra, una amenaza aún más aterradora se cierne sobre su capitán y su tripulación: Jack Sparrow tiene una deuda de sangre con el legendario Davy Jones , el amo de las profundidades del océano y capitán del fantasmal Holandés Errante, al que ningún otro barco puede igualar en velocidad y botines apresados. A menos que el astuto Jack encuentre la forma de saldar este pacto con el demonio, estará condenado por la eternidad a una vida más allá de la muerte al servicio de Jones. Este acontecimiento interrumpe los planes matrimoniales entre Will Turner y Elizabeth Swann, que, una vez más, se ven arrastrados por las desventuras de Jack y que enfrentarán a monstruos marinos, tribus salvajes, a la extravagante adivina Tía Dalma e incluso a la aparición del padre de Will, desaparecido hace tiempo, llamado Bill Turner. Por si fuera poco, el despiadado cazador de piratas, Lord Cutler Beckett de la East India Trading Company se ha empeñado en recuperar el legendario Cofre de la muerte -donde está guardado el corazón latiente de Davy Jones y única manera de controlarlo e incluso asesinarlo -. Según la leyenda, quien posea el cofre podrá controlar a Davy Jones, por lo que Beckett tiene la intención de utilizar este asombroso poder para destruir para siempre hasta el último de los Piratas del Caribe.

Tras la desaparición (y supuesta muerte) de Jack, el capitán Barbossa será el encargado de capitanear el barco que irá en su búsqueda hasta el fin del mundo. Para ello, acudirán a Sao Feng, líder pirata de Singapur.
Este no les brinda ayuda y además son continuamente emboscados por Lord Cutler Beckett (quien controla a Davy Jones y a su tripulación), pero Will consigue las cartas de navegación haciendo un trato con Sao Feng, prometiéndole entregarle a Jack Sparrow a cambio del Perla Negra.
Con la ayuda de Barbossa llegan al fin del mundo y entran en el reino de Davy Jones. Allí está Jack, sufriendo alucinaciones y desesperado, con Ea Perla Negra. Sin embargo, gracias a Tía Dalma, consigue sacar a flote el Perla, en el mismo momento en el que Barbossa, Will Turner y Elizabeth Swann llegan con toda la tripulación y el barco destrozado.
Jack encontrará la manera de hacerles volver al mundo de los vivos, mientras se va a celebrar una asamblea de piratas, con los nueve señores piratas que dominan la piratería. Diferentes tratos, acuerdos y traiciones, tienen a Will Turner, Jack Sparrow y a Elizabeth Swann combatiendo en diferentes bandos.
Lord Cutler Beckett, Norrington y Davy Jones establecen otra alianza para acabar con la piratería: atacar con toda la flota a los piratas de la asamblea, quienes no saben lo que se les viene encima. Jack envía a Will a través de un barril para dirigir a Beckett por medio de la brújula. Cada protagonista tiene diferentes motivaciones, Will quiere liberar a su padre de su servicio en el Holandés errante, a la par que Jack planea escaparse de nuevo de las garras de Davy Jones y saldar su deuda; Norrington duda sobre qué bando debe escoger, Elizabeth se encuentra súbitamente con un ascenso a capitana del barco de Sao Feng, al morir éste.
En la asamblea, se elige a Elizabeth como reina de los piratas y ella propone pelear contra la flota británica y Davy Jones en lugar de liberar a la diosa Calipso(Tía Dalma cuando es humana), pero Barbosa igual logra liberarla robándole a Jack y Elizabeth sus piezas, para que sea Calipso quien se ocupe de los mares, y se descubre que ella era la amada de Jones, por la que arrancó su corazón, pero ella lo había traicionado condenándolo al mar eternamente.
Frente a frente, la Perla y el resto de naves piratas por un bando, y los buques de la corona y el Holandés errante por el otro. En la última batalla entre Jack y Davy Jones, Jack roba su corazón y pronto Will y Elizabeth se le unen y se casan en plena batalla actuando como juez el Capitán Barbosa. Jack recuerda que quien apuñale el corazón tomará el cargo de capitán de El Holandés, con todo lo que ello implica. Davy Jones consigue matar a Will, pero el padre de Will y Jack le pasan el corazón de Jones, y con sus últimas fuerzas lo apuñala. El padre de Will le extirpa el corazón a Will metiéndolo en el cofre, a la par que Jones muere y cae al remolino creado por Calipso. Entre el Holandés (al mando ahora de Will) y El Perla, el barco de Lord Beckett queda destruido y éste muerto. Tras la batalla, Will está en una isla con Elizabeth, a la que da el cofre con su corazón, estando Will impedido de volver a tierra en diez años.
Barbosa hurta el Perla Negra, mientras Jack está en tierra, pero, muy astuto éste, había arrancado el mapa que le muestra el lugar donde quiera ir, y decide embarcarse en nuevas aventura, en busca de la fuente de la eterna juventud («Aqua de vida»).
Tras los créditos se puede ver una escena que transcurre 10 años después, en la que aparecen Elizabeth y el hijo de ésta y de Will, esperando en la playa a que Will regrese. Cuando lo hace surge de la misma luz verde con la que se le vio partir. Tal y como le dice Calipso a Davy Jones, si el capitán de El Holandés cumplía el cometido de acompañar a los muertos durante los 10 años y al volver tenía a una persona amada esperándole, se vería liberado de su obligación en el Holandés. Por este motivo cuando Will regresa lo hace como un mortal de nuevo y sin la obligación de capitanear el Holandés Errante.